5 Obsah Obsah 1. Úvod 11 Definice základních pojmů 11 Typy dat 14 Databáze sekvencí 21 Seřazení sekvencí 32 Rozdělení metod fylogenetické analýzy 41 2. Maximální úspornost (Maximum Parsimony, MP) 45 Postup metody 46 Metody parsimonie 51 Hledání...
More
5 Obsah Obsah 1. Úvod 11 Definice základních pojmů 11 Typy dat 14 Databáze sekvencí 21 Seřazení sekvencí 32 Rozdělení metod fylogenetické analýzy 41 2. Maximální úspornost (Maximum Parsimony, MP) 45 Postup metody 46 Metody parsimonie 51 Hledání nejúspornějšího stromu 57 Parsimonie pro jiné typy dat 63 Výhody a nevýhody parsimonie 64 3. Evoluční modely 69 Modely evoluce DNA 69 Heterogenita substitučních frekvencí v různých částech sekvence 79 Další modely 82 4. Distanční metody 85 Aditivní a ultrametrické stromy 85 Transformace alozymových a restrikčních dat 89 Optimálnostní distanční metody 92 Algoritmické distanční metody – shluková analýza 94 Algoritmické distanční metody – spojení sousedů (neighbor-joining, NJ) 97 Výhody a nevýhody distančních metod 100 Spektrální analýza a Hadamardova konjugace 101
Less
